正如前面所述，首先，陈立夫派CC派特务骨干朱凌云到香港筹办潜伏特务训练班，计划以香港为据点待大陆解放后，潜回内地进行破坏。其次，派特务到华北去，准备在绥远和北平建立华北潜伏据点，以备将来进行破坏活动。再次，把情报活动的重点从大陆转移到东南亚一带地区，以对大陆造成情报包围圈。对陈立夫的整个特务行动计划，蒋介石十分赞赏，他专拨10万银元作为经费，给予资助。 但随着人民解放战争的胜利进展，这些计划好多都没有成功。 10月14日，广州解放，国民政府匆匆逃往重庆。为了稳定人心，陈立夫也飞抵重庆。因局势紧张，他为安全起见而深居简出。不肯随便露面。 在重庆，陈立夫加紧了布置潜伏特务的工作，他兴致勃勃地准备筹建“大西南指挥中心”，还派一些特务到四川各县去建立根据地，以便同共产党周旋。但这些计划有些刚刚实施，有些还在拟定，人民解放军就已逼近重庆。

11月14日，蒋介石飞抵重庆，企图作最后顽抗，但也无任何办法，陈立夫后来回忆说：“继而重庆吃紧，共党已侵入外围，钱币一天天贬值，那时共党特务工作比我们做得好，政府的一切行止，他们都清清楚楚，‘兵败如山倒’，蒋公到重庆没多久，政府再从重庆迁到成都去，我也去了，那时乱得可怕，我的汽车也被抢去了。蒋公离开重庆时，座车几乎开不出去，好不容易才开到机场。”12月23日，重庆解放。 29日，国民政府西逃成都，以作最后的挣扎。 为了收拾残局，陈立夫也随蒋介石来到成都。他将特务召集起来进行训话，说什么“只要拖到第三次世界大战爆发，党国即可复兴”。但这些话也不能维系人心了，大小特务纷纷要求陈立夫安排他们逃往台湾。陈立夫仍然要求他们鼓起勇气，坚持到底。蒋介石到成都后，提出一个新的战略计划，当时有三种构想，一是退守云南，二是固守川西，三是撤到西康。但当时川军将领都不理睬蒋介石。一天，蒋对陈立夫说：“真奇怪，我召集军事会议，一些人都不来了。”陈立夫一听，就预感到要出事了，他认为三种构想已不能实行。当时蒋介石说：“下一步，你和阎院长先飞台湾，我准备去西康。”

陈立夫即反对：“不能去那里，刘文辉在那里搞了几十年，他如在机场请总统训话，再来一次西安事变的翻版怎么办呢?”蒋介石沉凝一下说：“那我去云南好了。”陈立夫又表示反对：“卢汉也靠不住，云南绝对去不得。”蒋介石终于打消念头，改派张群去，结果被卢汉扣留，几天后，云南正式宣布脱离蒋政权转向共产党。后来陈立夫十分得意地说他在最后时刻做了对得起蒋介石的三件事：第一是有效地阻止了李宗仁对党政权力的进一步谋取；第二，促成了蒋的复职；第三，救了蒋的性命。 此时，川军将领纷纷起义，人民解放军连克成都以南的简阳、仁寿、乐山等地，切断了国民党的退路。陈立夫见势不妙，虽要别人坚持到底，自己却一分钟也不能坚持，慌忙登上飞机匆匆逃离成都。不料飞机赴台途中，遭遇寒流、驾驶员临时决定返回成都，当飞机缓缓降落时，陈立夫发现城市灯火辉煌，疑为是到了汉口，当时从皮包内取出手枪，准备自杀。旁人觉得奇怪，问明情由，告知是成都，一场虚惊才化为乌有。陈立夫忙问返航原因，才知是同机的阎锡山携带了数十箱金条，负载超重所致。后来，阎锡山减少了卫士，第二天飞机重新起飞，真正要离开大陆了。

当飞机穿越群山之间，徘徊于云海之上时，陈立夫的心情格外难受，作为败军之将，他有一种被自己国家抛弃了的感觉，将来的归宿在哪里，将来的命运如何，他自己也不能定，一种“天涯芳草迷归路”的心情油然而起。