陈果夫错误地认为，造成今天这种状况的主要原因是美国插手，“欲过问中国事，竟使中国沦入共党之手，此时虽觉悟，亦已迟矣。”陈果夫始终也不明白，他们之所以失败，是违背了人民的意愿，违背了历史发展的趋势，因而，不管是美国的支持也好，还是蒋介石重新上台也好，都不能挽救其失败的命运。 二陈虽然对蒋介石的下野痛心疾首，表示自己的忠心，但蒋介石并不感激他们，相反，他认为是二陈坏了他的事。是二陈操纵党务，培植CC派系统，使党内派系重重，矛盾迭出；是二陈搞特务政治，激起天怨人怒，才导致了他的失败。蒋介石根本不愿承认所有这些都是他纵容二陈搞的，他把一切罪责全推到了二陈身上。21日，当蒋介石发表引退声明后，准备乘飞机离开南京时，陈立夫等人为了表示自己对蒋的忠心，前往送行。只见蒋介石铁青着脸，见了陈立夫，气不打一处来，厉声说：“共产党没有打败我，打败我的是自家的国民党。”陈立夫见此，便低下头，不敢再说话。蒋介石还觉不解气，用手指着陈立夫的脸，气冲冲地说：“就是你们一班人”，并愤愤地发誓，再不入中央党部的大门。这是陈立夫跟随蒋介石20多年来，蒋介石第一次在他面前发脾气。

陈立夫在众人面前被骂得面红耳赤，无地自容，呆在那儿半晌也说不出话来。 回来后，陈立夫想起被蒋介石痛骂的情景，又是委屈，又是恼恨，心想自己的一切行动都秉承蒋介石的意旨，要说错，首先应错在他老蒋，想不到他下台后，一股怨气都发在自己身上，真是晦气。他饭也不吃，蒙头便睡，好些天都无精打采，见了人也懒得说话，完全失去了往日的威风。 后来，陈立夫又原谅了蒋介石，因为他离不开蒋介石这座靠山，他专程去了一趟溪口。也许蒋介石觉得上次说话太过火，这次见了陈立夫显得格外亲热，于是陈立夫心中的恼恨也烟消云散。蒋介石要他不与李宗仁合作，要他把CC派、孙科及其他不满李宗仁的党政要人运动起来，拆李的台，造成混乱，他好乘机东山再起。 陈立夫接受密旨回南京后，便开始暗中活动，他劝说孙科将行政院搬到广州，使李宗仁的总统府只剩一块空招牌，对此，李宗仁回忆说：“在蒋氏幕后指挥下，孙科派和CC系就联合一致，共同来陷害我。其第一步就是把政府从南京迁往广州。”

堂堂一个总统府设在南京，而行政院却迁广州，这成何体统，李宗仁又气又恼，他一面打电话给蒋介石，指责他不顾大局、暗中拆台的恶劣行为，一面给孙科打电话，要求行政院立即迁回南京。 蒋介石知道孙科耳朵软，听了几句好话就变卦，怕他顶不住，即令陈立夫急飞广州，稳住孙科，不理睬李宗仁。李宗仁见广州方面按兵不动，知道行政院迁回南京已无望，便使出最后一招，决定在南京召开立法会议，准备搞掉孙科，宣布行政院迁广州是非法的。陈立夫得知消息后冷笑几声，他心中自有主张。他是立法院副院长，对立法院在什么地方开会完全有权决定，李宗仁要在南京开会，他便提出在广州开会，并暗中将很多立法委员接到广州，李宗仁在南京开会的计划落空。在无法可想的情况下，李宗仁只好派张群到广州做说服工作，孙科由于有陈立夫的撑腰，干脆不见张群。李宗仁还是不甘心，只好于2月22日亲赴广州，陈立夫与孙科都到机场见李，李宗仁避开陈立夫，单独找到孙科，向他摊牌：现在华盛顿支持的是南京，不是溪口。孙科考虑再三，权衡利害，终于答应将行政院再迁回南京。陈立夫知道后，气急败坏地直奔孙科官邸，说：“你真糊涂!你知道背后谁在撑腰，他李宗仁能和总裁比吗?”

但孙科自认美国支持李宗仁，还是决定迁回南京。陈立夫无可奈何，眼睁睁看着孙科的行政院重回南京，他只能让自己控制的国民党中央党部不回南京仍留广州。 孙科的行政院回南京不久，1949年4月20日晚，人民解放军发动渡江战役。23日，解放南京，国民政府还是南迁广州。这时，陈立夫知道国民党在大陆的统治不会久远了，他开始布置撤离大陆后的特务行动计划。