由于二陈指挥的特工总部的猖狂活动，也由于当时中国共产党内王明左倾冒险主义的错误领导，这一时期中共党组织遭到很大破坏，一些机关被捣毁、封闭，党员很多被捕或被杀，进步分子也遭到迫害，损失极为惨重。陈立夫的亲信徐恩曾在他所写的《暗斗》一书中十分得意地炫耀其“战果”，当时中共组织被国民党特务破坏或部分破坏的次数为：中央在上海的领导机关14次，江苏省委4次，山东省委3次，陕西省委2次，共青团中央3次，河北、河南、贵州省委和南京市委各1次。被国民党特务机关捕去的中共党员和干部计24800人，其中；历届中共中央总书记3人(向忠发、陈独秀、瞿秋白)，中共中央委员40人，省市委干部829人，县市级干部计8199人，一般干部和党员计15765人。以上这些数字虽有夸大，但可以说明，二陈指挥的特工总部对中共的破坏是十分严重的，当时，共产党在白区的工作几乎损失百分之百，以致中共中央机关不得不被迫迁往苏区。 特工总部为蒋介石的独裁统治立下了汗马功劳，而陈果夫、陈立夫也因实施特务政治成为国民党内举足轻重的人物，他们的地位如日中天，达到鼎盛。