4．情报科。主要职责为刺探、搜集共产党及其他党派的情报。二陈对情报科十分重视，他们要求该科将所得的情报逐日编成《每日情报》，分送他们过目，如认为特别重要的，必须用规定的格式纸张抄出，由他们审阅后，再报蒋介石核阅。 情报科科长由陈果夫指定其心腹刘桂担任，副科长由中央党务学校毕业生张国栋担任。情报科内分设指导、编审、译电三个股，分别由CC派死硬分子王广来、杜品山、薛敦平担任。另外，科下还辖有三个情报站，分别设在北平，天津、上海三地，北平站站长是后大椿、天津站站长是张庆恩、上海站站长是邓达谧，各情报站都配有电台，与南京总台直接联系。 5．训练科。其职责为对特工总部及所属特务室人员施行训练，以强化其反动思想，提高特务伎俩。另外，还负责编辑《动力》、《群力》两种小型内部刊物及其他书刊。训练科成立后，遵照二陈的指令，举办过多次训练班。陈立夫特别注重对特务的训练培养，他在谈到培训特务时说：“重质不重量，宁可少，不可滥。 我们不许用那种北洋军阀招兵的方式，举起旗子叫人跟着走就算自己的兵。我们要孙猴子，找了一个孙猴子，可以放弃100个猪八戒。”

因此，每次训练班期间，不是陈果夫，就是陈立夫，他们再忙，也要亲临向学员训话。训话时，总是反复强调特务们对蒋介石要忠心耿耿，他们提出，信仰主义要信仰到迷信程度，服从领袖要服从到盲从的程度，绝对的程度。他们还散布，一切问题全凭领袖的脑壳去决定，领袖的脑壳要怎样就怎样，我们一切不必问，也不该问。只要随领袖的脑壳去做，你可以万无一失。特别是陈立夫，他十分善于捕捉特务们的心理，平时，他对特务们总是温文尔雅，十分客气，训话时也总是像谈家常，娓娓道来，不是对他们表示关心，就是为他们撑腰打气，他说：“国民党的忠实党员在别的地方遇到困难，吃了苦头，得不到半点支持和温暖，在我们这里就不会，绝对不会，只要你不出卖组织，天大的事情我陈立夫包下来!”这些话对一些没有经验的新特务能够产生一定的向心力。二陈就是这样通过训练、训话等方式，提高特务的思想素质，培养特务对他们的忠顺精神。训练科科长为CC派骨干王云亭，副科长为薛秋泉。下设干事、助理干事若干人。 6．总务科。其职责为主管会计、事务、文书，保管武器弹药等。

科长初由周伯良担任，周于1936年病死后，改由徐恩曾的上海交大同学章祖模继任，副科长由仝道云担任，计有工作人员10多人。 7．电讯总台。其职责是与所属机构及临时派出活动的小组联系通报。其联络工具为电讯总台，总台下辖五六个分台，分别与各地联系通报，电台所发出去的电码不同于一般电报局所使用的电码。总台长由徐恩曾在上海交大时的同学范本中担任，分台长由袁更、陈玉堂，吴世昌、王正鸿等担任。 除此外，特工总部还在各省市建立了下属机构，上海、南京等特别市称为“区”，省、市及铁路干线则称为“特务室”。省特务室设室主任1人、秘书1人，下设总务、情报、组织、行动等4个科，较小的室只设3个科，各设科长1人，其编制人员无定额。 特工总部建立后，在二陈指挥下，与国民党宪兵、警察结成一伙，对共产党员、进步人士和广大革命人民进行调查、监视、跟踪，必要时实施逮捕和杀害，而尤以上海地区为最甚。 大革命失败后，中共中央机关转移到上海，因此，特工总部的活动中心也放在上海。

平时，在上海只设特务室，1931年，陈果夫和陈立夫在召见共产党叛徒顾顺章的时候，顾顺章建议，要彻底动摇共产党在上海的根本，就应该建立一个强有力的机构。二陈接受了顾顺章的建议，即在上海筹备建立行动区，并派其亲信史济美到上海行动区主持特务工作。 特务对共产党的活动一是侦查，二是破坏。侦查即采取盯梢、守候、刺探等办法，了解共产党的线索，并将其线索迅速提供给行动组，行动组得到线索后，即根据线索开展破坏，破坏就是捣毁组织，逮捕人员。有时，特务们配合军、警、宪等机关公开捕人，有时则采取绑架、诱捕等办法秘密捕人。1933年3月逮捕共青团中央王云程等人就是采取绑架的方式，1935年逮捕田汉就是采取诱捕的方式。 除此以外，特务组织还采用极其毒辣的“细胞”政策，所谓细胞，即指特务的耳目，他们打入中共组织内进行破坏活动，其任务除收集情报、提供线索和密切注意周围的异常情况可疑人员的活动外，还要有意识地伪装进步、积极，以求长期活动。按徐恩曾的说法，是特务机关“暗地培养一批伪装思想左倾而常有不满现实言论的干练人员，作为诱饵……等候匪党分子吸收，由此打入匪党组织，充作匪党党员，了解匪党内部情况”。

陈立夫对这种办法十分欣赏，他鼓励特务们多打进共产党去，从思想上、组织上破坏，瓦解共产党。在陈立夫的指使下，一些特务以各种方式打入中共上海各区委，起了极为严重的破坏作用，“甚至有两个区委的领导权”也被特务所控制。