南京大屠杀中，被日军押赴刑场的中国军民

12月初，松井下达了进攻南京的命令，叫嚣占领南京乃是国际事件，必须做周详的研究以便发扬日本的武威而使中国畏服。12月9日，松井令日军用飞机投下对南京卫戍司令长官唐生智的劝降文告，威胁说如果中国军队抵抗，则一切战争恐怖均将见之于南京，并限10日中午答复，逾期不复，即向南京进攻。松井的文告，无疑是日军在南京实行大屠杀的先声。12月7日，蒋介石等国民党要人乘飞机离开南京。12月12日唐生智等国民党将领慌忙撤退，于是南京数十万居民以及大批来不及撤离的中国军队，就落到了日本侵略军的屠刀之下。　　南京在沦陷前，曾遭到日军飞机狂轰滥炸，城市建筑炸毁无数，人民生命财产损失惨重。12月13日，日军占领南京，一场惨绝人寰的大屠杀开始。日军兽性大发，对手无寸铁的中国军民实行集体屠杀、分散屠杀及强奸妇女。南京城内外，下关和燕子矶江边，处处成了日军的屠场。大街小巷横陈着无数被害者的尸体，数万尸体漂浮在长江之上，鲜血染红了江水。大屠杀持续了数十天，到1938年2月初尚未停止。据有关方面调查，被杀害者总数达30万余人。日军还肆无忌惮地搜捕妇女，发泄他们的兽欲，被奸污者有80余岁的老人和6岁至7岁的幼女。

据当时国际委员会统计，仅在日军占领南京后的一个月内，就发生了2万余起强奸事件。日军还四处抢劫，焚烧民宅及商店等建筑。　　由松井石根指挥的日本侵略军在南京的暴行罄竹难书，其手段之残酷令人发指，为人类历史上所罕见。南京大屠杀是松井石根等军国主义分子对中国人民欠下的一笔血债。　　12月17日，松井在日军前呼后拥之下，得意洋洋地从中山门进入南京城内，并亲自主持了侵华日军的“入城式”。此时，正值大屠杀的最高潮，松井明知日军的种种暴行，却置若罔闻，听之任之，而不采取任何有效措施加以制止或改变事态的发展。日军在南京的暴行震惊了世界。迫于世界舆论的压力，1938年2月日本政府不得不把松井及其部下将佐约80人召回日本。　　松井回国后没有受到任何处罚。1938年7月，被任命为内阁参议。1940年由于侵华“有功 ”而再次获得勋章。次年任法西斯组织大政翼赞会下属的大日本兴亚同盟副总裁，1943年任 总裁，继续宣扬大亚细亚主义，为配合日本对外侵略战争积极活动。