邓尼茨视察海军部队

1941年春，盟军加强护航和反潜措施(如反潜舰、装有定向器的飞机)，使德国的攻击受挫。邓尼茨及时调整部署、改变战术。一方面，坚决要求空军支援潜艇作战，首次提出航空兵与潜艇的“战役与战术协同动作是极为重要的”。经过有力交涉，希特勒命令驻波尔多的第40飞行大队在进行远距离侦察方面隶属潜艇司令部。另一方面，开始全面实施战前制定的“狼群战术”，即把30艘～40艘潜艇编成一个“狼群”，再分为侦察和突击两个艇幕。侦察幕各艇间隔30海里～40海里，突击幕各艇间隔15海里～20海里。两幕的战役纵深保持在50海里～100海里之间。稍后，邓尼茨又修正战术，将两幕分为侦察、预备进攻和突击三幕。修正后的“狼群战术”使潜艇不再躲避盟军的护航警戒舰艇和飞机，一旦发现目标，所有潜艇都浮出水面，全速接近目标，用高炮射击护航飞机，用鱼雷攻击护航舰和运输船。　　由于指挥得当，邓尼茨的潜艇给盟军大西洋海上交通线带来浩劫。1941年4月至12月，共击沉盟军325艘运输船，总吨位约158万吨。美国参战后，德国潜艇的活动范围又扩展到美国海岸及加勒比海一带。1942年，德国潜艇每月击沉盟军商船近97艘，总吨位达52万多吨。

整个战争期间，德国潜艇部队共击沉盟军运输船、商船2828艘，总吨位达14687231吨，击沉击伤盟军军舰115艘，给同盟国特别是英国造成极大的困难。英国海军惊恐地认为：“邓尼茨炸沉我们的商船是在慢慢地绞死我们，……他是自荷兰勒伊特以来，英国最危险的敌人。”　　1943年1月，雷德尔海军元帅因在作战问题上与希特勒发生严重分歧而辞职。邓尼茨继任海军总司令，并晋升为海军元帅。