前任德国海军总司令雷德尔海军上将
1939年1月,海军总司令雷德尔向希特勒提出扩大海军的“Z”计划,要求建造大型水面舰艇。邓尼茨坚决反对,根据在大西洋上进行的多次潜艇集群行动的演习得出结论:德国必须拥有300艘潜艇,其中100艘在基地检修或休整,100艘在海上航渡,100艘在作战海区执行任务,才能取得攻击英国海上运输线的胜利。可是目前德军仅有57艘潜艇,远远不能满足需要,因此,邓尼茨要求扩增潜艇数量。在邓尼茨的力争下,希特勒终于废止“Z”计划,而在1939年12月批准“限定海军造船计划”,规定在1941年底以前,建造392艘潜艇。 第二次世界大战初期,因潜艇数量不足,邓尼茨只得实施“小群战术”,由3艘~5艘潜艇组成的编队在某一艇长的直接指挥下作战。由于当时盟军使用的声纳装置效能很低,德国潜艇可以接近到离目标3链~15链处发射鱼雷,所以仍取得很大战果。1939年9月3日,他下令U30号潜艇在赫布里底群岛以西100多海里处突然击沉英国雅典娜号邮船,1400名乘客几乎全部丧生,其中有不少是美国人。出于政治上的原因,希特勒对外矢口否认此乃德军所为,对内严令销毁证据。
根据希特勒的指示,邓尼茨把U30号潜艇官兵调往U110号潜艇,然后有意制造了沉没事件。9月17日,U29号潜艇击沉英国无畏号航空母舰。10月14日,U47号潜艇潜入斯卡帕弗洛英国海军基地,击沉皇家橡树号战列舰。在此阶段,德军共击沉盟军运输船只近400艘。1939年10月,邓尼茨晋升为海军少将。1940年,晋升为海军中将。