陈立夫说他对政治完全失却兴趣，只是给蒋介石听的，以消除蒋介石对他的戒心。实际上，他的心灵深处时时燃着政治的欲火。他回台湾后，住在台北的天母大街。为了表示他不问政治，开始一度闭门谢客，拒绝和来访者见面。但不久，便觉于情理不可，于是，每星期定出两天时间，这两天中划出两小时，在家里约见亲友和访客。在与客人交谈时，开始只谈家庭、生活、玩乐等，后来，渐渐扩大内容范围，谈海岛、谈大陆、谈政治、谈时局，无所不议，无所不谈了。 不久，蒋介石找到陈立夫，给他一项具体工作，担任文化复兴推行委员会副会长(会长为蒋介石)，陈立夫还想推辞，蒋介石说：“这个职位，不是官啊，你不能再推辞了。”陈立夫只好接受下来。 陈立夫担任文化复兴会副会长后，不辞辛苦，踏踏实实做了很多工作，主要有：(一)振兴中医药事业。 由于台湾曾被日本侵略者占领达半世纪之久，中医被歧视、中药不能开，民间治病由日式西医取代。日占据前，岛内曾有中医1988人之多；光复时，有营业执照的仅剩8人，祖国医药事业惨遭摧残。对此现状，陈立夫心急如焚，决定首先振兴中医药事业。

怎样振兴中医药事业呢?陈立夫觉得应从舆论入手，改变人们对中医药的偏见。为此，他亲自写文章、作演讲，宣传中医药的好处。他在《我对于中西医药的看法》的演讲中，公开提出，要为中医打抱不平，他说：“我支持中医的主要原因是看不入眼社会上不平的事，尤其是借外人的势力来欺侮中国人，西医压迫中医，我是要‘打不平’的。”陈立夫认为中医衰落的原因有三：一是五四以来，把中医当作是封建文化加以反对，使中医的理论基础动摇；二是教育制度，西医由于外国教会介入而建立学校，而中医却始终沿习师徒传授，使之后继无人；三是各级卫生行政部门，多由西医霸占，使中医受排挤、歧视。他认为大陆方面做得好，所有卫生机构都是中西医并重，中医药列入劳保范围，中医院校遍及各省，中医、中药学研究成绩斐然，就是“文化大革命”也没有把中医“革”去。 陈立夫进一步指出，文化本身没有中西之分，古今之别，只要对人类有益、是科学的，都应该采纳并用。中医发汗采用桑叶、薄荷，西医发汗采用阿斯匹林，两者都适用，允许并存，而不应用阿斯匹林打倒桑叶、薄荷，使乡间病人非走十多里路进城买西药不可。这叫“道并行不相悖”。

西医有西医的长处，中医也有西医无可取代的优势，应该爱其所同，敬其所异。 陈立夫的演讲由于持理公允，说理有据，又事关老百姓的切身利益，所以深受公众欢迎，一时间引起轰动，为中医正名奠定了基础。不久，台湾中国医药学院内部发生纠纷，一时无人主持。当时，“教育部”派了15名董事进行改组，而15名董事中，9人为西医，由西医主持中医药大学，引起学校一片反对之声。在此情况下，蒋介石便找到陈立夫，与之商量说：“中国医药学院依照教部之处理办法，必将垮台，只有你去，才能挽救，中医欢迎你，西医不便反对你，因为你一向为中医说话，但你是学科学的。”陈立夫想到要振兴中医药事业，必须振兴中医药教育，因此欣然受命，担任了中国医药学院董事长。 陈立夫到任后，解散了原来的董事会选了5个中医、5个西医、5个对学院关心而非医生者，共15人组成董事会。院长一职，由于一时无法找到兼中西医二者之长者担任，不得已，只好聘请著名教育家郑通和先生担任。 在陈立夫指导、郑通和具体领导下，中国医药学院发展很快，他们从香港请来教授，自己编写教材，克服很多困难。开始，学院没有自己的教学医院。

陈立夫亲自找到蒋经国，请予支持，蒋经国即专门拨出款项，建起了教学医院，有病床800多张，成为台湾惟一的一所中西医合作的医院。学院也逐步具备了培养本科生、硕士生、博士生的资格，每年毕业700多学生，深受社会欢迎，为中医、中药事业的发展准备了人才。 后来，陈立夫继续努力，在台湾确立了中医的法律地位，在台湾一些公、私立医院陆续设立中医部，公劳保中医也能享用，台湾卫生署对中医的态度也逐渐改变。看到已取得的成就，陈立夫觉得十分欣慰。 (二)翻译《中国科学技术史》。 《中国科学技术史》是英国科学家李约瑟博士所著，分7卷共12册，总计850万字，此书涵盖了中国古代的自然科技，并兼及中国古代人文和社会科学。李博士以大量的史实证明，当西方还在黑暗中摸索时，中国的祖先已在数学、天文、地理、物理、化学、生物以及医学方面做出了相当大的成绩。他认为没有中国先进的科技对西方的辐射和影响，也就没有16世纪近代科学在欧洲的发展。 李约瑟博士抗战时期曾在陪都重庆英国驻华使馆中英科学联络处工作，与陈立夫常有交往。

李约瑟热爱中国文化，尤其是对中国古代科技有浓厚的兴趣，想写中国科技史，多次就著书计划求陈立夫予以帮助。时任教育部长的陈立夫鼓励他写作，并赠送他一部《汉书》，介绍有关人士和机构，为他调查、写作提供帮助。