1948年，中国形势发生根本性的变化。人民解放军在全国范围内发起更大规模的攻势，国民党军队被迫由“全面防御”转为“重点防御”，分别龟缩在东北、华北、西北、中原、华东五个战场上而一筹莫展。同时，南京国民政府在经济上、政治上也陷入全面危机之中。在此情况下，蒋介石为了稳定人心，装出要“行宪”的样子，匆匆召开了所谓“行宪国大”，经过一番剧烈的明争暗斗，蒋介石当选为总统，李宗仁当选为副总统。陈立夫也居然当选为立法院的副院长，这年年底，他还兼任了行政院不管部部长，官运虽然亨通，只可惜蒋介石的政权已处于风雨飘摇中，他的高官也当不了几天了。 蒋介石当了总统，不得不玩弄一些“还政于民”的把戏，实施所谓“宪政”。但实施宪政后，国民党的党务经费就不能再在国库开支了，庞大的中央党员通讯局这个包袱太大，尽管陈立夫搞了些外延单位，最终不能解决根本问题。因此，党员通讯局不得不再次改组。 这时的陈立夫由于当上了立法院副院长，对党员通讯局的改组他积极赞成，并很快付诸行动。但对于中统这摊人马，他是绝对不会放弃的，他仍然采取上次的办法：换汤不换药，将中统想办法塞到行政部门去，以解决经费问题。

陈立夫通过与中统骨干几次密商后，决定在内政部下设调查局，将中统组织全部塞进局内，而“中央党员通讯局”的名称仍然保留，只是成为一个单纯党务机构，而中统全班人马则从党通局移到内调局。 这一计划提出后，即得到内政部长张厉生的同意，在立法院讨论时，陈立夫吸取上次搁浅的教训，这次他以立法院副院长的身分，动员了一些CC派及与CC派亲近的立法委员施加影响，才勉强通过。 1949年5月，内政部调查局在广州正式成立。其局本部及下属各级分支机构的官员和工作人员，均由陈立夫一手安排。 内政部调查局按规定设局长一人，陈立夫便委派老牌中统特务季源溥担任；副局长一人，陈立夫原准备让党通局副局长王保身担任，但后来内政部长张厉生下台，李汉魂当了部长，他也想插一手，便推荐桂系的张益民任副局长，陈立夫为应付新的形势，只好答应。局本部设四处二室：第一处为指导处，处长张庆恩，副处长朱凌云，第二处为研究处，处长徐政，副处长黄九成；第三处为交通处，处长苏恕诚，副处长袁更；第四处为总务处，处长陈庆斋，副处长朱韵涛；人事室主任李裕德；会计室主任王大光。

局本部建立后，分别在各省市设立调查处，规定各调查处设处长一人，副处长一人，秘书一人，调查处下一般设三个科，分管与局对口的各种事务。另外，还在贵阳、重庆、海口、华北、台湾五个地方设立了办事处。内政部调查局就这样开张了。 内调局可以说生不逢时，它成立的时候，人民解放军已经打过长江，南京宣告解放，各路大军正向中南、西北、西南各省胜利大进军，迅速消灭残余敌人，解放广大国土，在这种情况下，广州城里一片混乱，国民党大小官员都在打点行装，纷纷准备飞台湾、跑香港、逃海外。陈立夫在这乱世之中，所能做的工作也只是收拾残局了，因此，内调局成立后，其主要工作，便是着眼于大陆解放后的潜伏和破坏活动。 陈立夫在与内调局长季源溥反复商量策划后，主要办了三件事：第一，派第一处副处长朱凌云到香港去，筹办潜伏特务训练班，他们计划以香港为据点，陆续派特务到这里受训，训练后再派遣回大陆实施破坏。第二，派中统骨干黄雨青到华北去，与当地中统特务取得联系，准备在绥远或者北平建立华北潜伏据点，然后就地派遣特务，在华北地区进行潜伏破坏活动。

第三，将情报活动的重点从大陆转移到大陆周围的东南亚一带地区，陈立夫认为，随着大陆的解放，大陆共产党的情报对于他们是十分重要的，在东南亚一带建立情报据点，可以对大陆造成一个情报包围圈。陈立夫与季源溥特拟定了一个计划呈报蒋介石，蒋看后甚为赞赏，特拨出10万银元作为经费，要他们尽快将情报点建立起来。后来，随着人民解放战争的胜利进展，陈立夫的这些设想，有的成为泡影，有的虽然进行了筹办，也因种种原因而没有办成。 此时，人民解放军已解放上海、横扫江浙、进军闽南、逼向广州，国民党政府只好西迁重庆，陈立夫知道大势已去，他一方面派季源溥到台湾去建立内调局局本部，另一方面派副局长张益民急飞重庆，尽快筹建内调局大西南指挥中心。张益民到重庆后，经过很大努力，工作却不见成效，因张益民属桂系，CC派人物都不太听他的话，所以内调局大西南指挥中心始终没有建立起来。后来，张益民搞了个“西南游击区”的计划，他委派一些中小特务到各县去发动当地恶霸势力和中统外围组织，建立反共游击军和游击根据地，但他们的计划还没付诸实施，人民解放军已经兵临重庆，重庆陷于一片混乱。

为了稳定人心，陈立夫于1949年10月与国民党社会部部长谷正纲一同坐飞机来到重庆。因局势紧张，社会秩序混乱，陈立夫到重庆后深居简出，不肯随便露面。