没想到设立土地金融处倒给陈果夫以新的启示，他想，另起炉灶目标太大，是不可行的了，现在只有采取逐步驾空农行，以达到最后独占农行的办法。以后，陈果夫便多次发表有关农村金融的谈话，并向蒋介石表示愿从事农行事业的心迹，此时，蒋介石也认为孔祥熙财力太大，需要给予限制，因此，也有意让陈果夫渗透进来，以分散孔祥熙在农行的权力。1940年10月，蒋介石决定中国农民银行董事会进行改组扩充，按蒋介石的原意，准备让陈果夫担任农民银行常务董事，后来又考虑到不能让他一下子权力太大，到临时发表时，突然改变主意，只让陈果夫当了董事，而常务董务则让其三叔陈其采担任，陈果夫虽然心中有些不快，但总的来说还是满意的，因为他毕竟成了农行董事会七个董事之一，跻身于农行高层决策者，而常务董事陈其采是他自家的叔叔，今后慢慢推进，不愁农行不是他陈家的天下。 在董事会举行就职仪式那天，陈果夫仍然十分愉快地参加了会议，在会上，春风得意的农行董事长孔祥熙有意要给他一点难堪，他在向大家介绍时说：“陈果夫先生是办党特别有研究的人。”

用意十分明显，一个国民党的党务专家却要来从事金融事业，岂不是笑话，陈果夫也不客气，当即把孔祥熙给顶了回去，他说：“我曾经在金融界，不过落伍了约二十年之久。”弦外之音是：别小看人，二十多年前我就是搞金融的，今后当心点。几句话说得孔祥熙倒尴尬起来，只有嘿嘿干笑几声，会场上的人也都明白了陈果夫的来头，心头不禁都紧了起来。 陈果夫果然来者不善，他任农行董事后，便放下手头其他工作，专心投入到农行工作中。不久，蒋介石又任命他为四联总处金融设计委员会主任委员，他便以自己独特的身分在农行中独往独来地苦心经营起来。 首先，陈果夫提出统一农贷业务。以前，由于农村金融制度未臻完善，加之政府也无一定方针，所以农村金融机构重复繁乱，中央、中国、交通等银行和农本局、邮政储金汇业局、合作事业管理局都可办理农贷业务。陈果夫认为：要使农民银行发展壮大，一定要把全国农贷业务变成农行一家独营、一家垄断，因此他向行政院提出统一农贷办法，得到行政院的同意。1941年1月，行政院最先命令农本局将原办农贷业务移交中国农民银行接办，至此，成立已近五年的农本局便被赶出了农业金融领域。

1942年，在陈果夫的建议下，蒋介石下达手令，规定从7月1日起：“中、交两行现有之农贷业务，应逐渐收缩，移交农民银行接收办理。”8月31日，中国、交通两银行及中央信托局所有农贷业务，全部移交中国农民银行接管，总计农民银行接收：“(1)贷款本息共298，529，135元6角7分；(2)农贷区域共299县市；(3)农贷机构112所；(4)农贷人员共772人。”这是陈果夫的一大胜利。“自此中国农民银行在法律及事实上已演成兼管长、中、短期农贷之惟一中央农业银行。其业务以全国为范围，以全国农民为对象，所负使命之重大，百倍于往昔也。”陈果夫在农民银行有一定实力后，便开始了第二步计划，即将孔祥熙赶走，由他登上董事长的宝座。当时，在农民银行中，孔派人物互相勾结，贪污舞弊，中饱私囊，闹得乌烟瘴气，为了捣孔，陈果夫通过他的特务系统，调查了大量材料，然后抓住这些把柄，于1944年提出了弹劾农民银行信托部贪污舞弊案，由国民政府监察院出面处理。陈果夫的目的是想通过此案，搞掉倾向孔祥熙的总经理顾翊群，让CC派人物当总经理，以驾空孔祥熙，待顾下台，最后赶走孔。

可是顾翊群下台后，总经理一职并没有落到CC派手中，而是由蒋介石指定叶琢堂的大女婿李叔明来接替，陈果夫不禁大失所望。于是，将矛头直接指向孔祥熙。原来，太平洋战争爆发时，国民党政府获得美国5亿美元的贷款，蒋介石拿出1亿美元作为基金，让孔祥熙发行所谓“同盟胜利美元公债”，1亿元折合法币20亿元，许诺到期兑付美金。但刚开始人们都不愿购买，孔祥熙只好在政府支持下强行摊派，结果公债价格由20元跌至17元。不久，法币价格低落，美元汇率提高，黑市汇率高达100元合1美金，孔祥熙见有利可图，即停止美元债券销售，将尚未售出的5000万美元债券全数由中央银行业务局购进，将799万债券以官价卖给所属职员，而孔祥熙一人就独吞350万元美金债券。而此时美元债券已涨至法币250～270元。 即使这样，孔祥熙等人还不满足，还企图将剩余部分再次私分。但没有不透风的墙，孔祥熙等人私分剩余美金公债的消息不胫而走，公众舆论大哗。 陈果夫见时机来到，即借此大加发挥，风助火势，大造舆论，欲将孔祥熙致于死地。但孔后面有蒋介石这棵大树，他是不会倒的，最后只以“分期吐出”所吞款项和辞职了事。

陈果夫一看势头不对，再加后来看到政学系俞鸿钧在此案中获利最大，不仅作了财政部长和中央银行总裁，而且农民银行董事长也可能将由他来代理。于是，陈果夫见风使舵，由原来倒孔反转头来拉孔，到处为孔说好话，打圆场，孔祥熙不但不怨恨陈果夫，反倒感激涕零，决计将农民银行让与陈果夫。 1945年9月22日，陈果夫被任命为国民党中央财务委员会主任委员，10月，陈果夫被任命为中国农民银行常务董事兼董事长。11月1日，陈果夫宣布就职，在就职仪式上，农行总经理李叔明向大家宣布：“孔董事长因身体曾经割治，尚未复元，故辞去董事长职务，以便休养……现在本行董事长一职，由党国元老陈果夫先生继任。”这时的陈果夫好不得意，他梦寐以求的独掌中国农民银行的愿望终于达到了，回味着李叔明的“孔董事长因身体曾经割治，尚未复元”几句话，看着出席会议的保养得极好的孔祥熙，暗暗好笑，不禁想到了红楼梦中的词“乱哄哄你方唱罢我登场”，自己也会下台吗?不会的!他心中暗暗地说，不会的!自己一定不会下台，一定要牢牢坐稳董事长这把交椅。