特别是内迁地点的选择十分不易，因战争情况千变万化，今天是后方，说不定明天就是前线，有些高校历尽千辛万苦刚刚迁到一个地方，师生还来不及喘口气，新迁校舍又置于战争的炮火之下，因此不得不再度迁移，有些高校反复迁移达五次之多。如北大、清华、南开等平津地区大学最先遭到日寇破坏，他们也最先行动，开始南下迁往湖南长沙，组成长沙临时大学，后来，日寇铁蹄逼近湖南，他们只好于1938年2月再度迁往昆明，组成西南联合大学。北洋大学、北平大学、北平师范大学等校则向西迁移，到陕西组成西安临时大学，后改名西北联合大学。 中央大学、复旦大学、武汉大学、东北大学、齐鲁大学、东吴大学、金陵大学等31所高校迁到四川，散布各地，如武汉大学在乐山、齐鲁大学在成都、中央大学则在重庆。浙江大学开始迁到浙西天目山一带，后又到江西，再到广西，最后辗转迁到贵州才安定下来。中山大学迁往云南南部，上海交大等就近迁入英美租界区，太平洋战争爆发后，上海交大和中山大学再次内迁。

迁校次数最多的是广东文理学院，由广州迁至广西梧州，再迁藤县，三迁融县，四迁广东乳源，五迁连县，六迁曲江，七迁回至连县；迁校最迅速最完整的是国立中央大学，全部师生员工及图书仪器，由南京溯江西上，直抵重庆沙坪坝建校。农学院的牛羊牲畜，舟运不便，则由陆路徒步西行，也安全抵达重庆。直到日寇投降前夕，一些高校仍处在动荡不安的迁徙中。最后，内迁高校大多集中于重庆、成都、昆明等地。 据不完全统计，战前的108所高校，内迁的有94所。 这次高校大迁移，涉及全国几十所高校，在“天地军麾满，山河战角悲”的战争年代，在交通极其困难的条件下，数万名师生员工和家属及若干吨的图书资料、仪器设备的大搬迁，是极其困难的。沿途，日寇的飞机狂轰滥炸，师生们跋山涉水、风餐露宿，辛苦之极，财产的损失、经济的浪费、人员的伤亡，难以数计。 在整个内迁过程中，身为教育部长的陈立夫在连天的炮火中南来北往、东奔西走，察看校舍，询问校情，慰问师生，解决困难，历尽种种艰辛。有一次，从武汉撤出，当时有两条路可走，一是走水路到洞庭湖；经长沙到贵阳，再到重庆，一是乘飞机直飞重庆。

当时陈布雷约他坐船走，而且送来船票，而陈立夫晚上做了一梦，梦见天上一只老虎跳下咬他，象征虎(祸)从天降。陈立夫从来不信迷信，但他第一想法是不走水路，于是坐了飞机到重庆，不料不久就接到电报消息说，洞庭湖上那艘船被敌机发现，以机枪进行扫射，陈布雷万幸脱险，而陈立夫的那个床位正好遭子弹扫射，如果坐了船，则已一命呜呼。在陈立夫的不懈努力、教育界人士的共同协助、广大学生的积极配合下，这次高校内迁的艰巨任务终于得以胜利完成。 这次高校内迁，保存了中国教育的精华，并改变了原来高校布局不合理的状况，促进了西南、西北落后地区文化教育的发展。