陈果夫离职后，并没有担任中央要职，暂被任命为中央政治学校代理教育长。因为蒋介石对陈果夫已经有所防范，怕他在中央久了，会形成威胁其统治的盘根错节的势力，原来让他到江苏当省主席就有这方面的考虑，但那时陈果夫还没意识到，他在江苏四年后，开始有些醒悟，认为在地方久了，有碍CC派势力的发展。 这次辞职后，希望重返中央，担任要职，但蒋介石只让他在中央政校代理教育长，心中老大不高兴，又无可奈何，整天郁郁不展。 蒋介石有自己的考虑，他不任命陈果夫在中央的正式职务，还是想把他放到省里去。1938年8月，蒋介石内定陈果夫为甘肃省主席，想让他到大西北去。对此安排，陈果夫满腹牢骚，考虑再三后，他即回电蒋介石，婉言予以拒绝。他说，现在抗战军兴，“以不主张此时更动甘肃省主席，军政仍应统一，及考虑盛氏(指新疆盛世才——著者)之猜疑为主旨”。蒋介石接电后，认为也有道理，便放弃此议，但将陈果夫挤出中央的念头一直没断，此后，蒋介石又有几次想让陈果夫去当省主席，陈均以身体不好为由加以拒绝。 直到抗战胜利后，蒋介石仍想让陈果夫到省里任职。

1946年，蒋介石召见陈果夫，告诉他，浙江省主席黄季宽要辞职，想让他去接替黄，到家乡去当省主席，为家乡人谋些利益。陈果夫当面不好峻拒，只好再次以身体不好为由推辞，他说：“现在可当省主席之人不算少，余身体尚未痊愈，此时去任此职，一若前年之任组织部长，身体即无好的希望。”蒋介石见陈果夫受命中央职务时，总是欣然接受，而只要一提当省主席，则总是以身体有病为由而加以拒绝，不由一时火起，冲着陈果夫直截了当地说：“你做一部分事情做得好，在中央做不好。”陈果夫见蒋翻了脸，他也忍不住了，多年的怨气一并发出，板着脸，反问蒋介石：“现在中央谁做得好?”蒋介石被问的无话可答，双方不欢而散。这是几十年来，陈果夫第一次顶撞蒋介石。 陈果夫不是不愿做省主席，而是不愿被蒋介石挤出中央，使CC派失去首领而陷于衰落，虽然有陈立夫，但毕竟孤掌难鸣。他知道蒋介石为了扶植太子蒋经国，时刻在防范他，在限制他的势力，他不愿就此干休，他要赖在中央，决不到省里去。

另外，他从在江苏省四年地方官经历中，深深体会到省主席不好当，蒋介石大搞独裁专制，一切权力集中在中央，集中在蒋介石手中，什么事都得请示蒋介石，省主席只不过是代理人而已，因此他也不想当这种傀儡。 陈果夫自主政江苏后，再也没有当过省主席和其他地方行政官。主政江苏成了他一生中主持地方全面行政的仅有一次，因而也特别值得他深深地留恋。后来，他写了一系列文章，如《苏政回忆》、《苏政四年之回忆》、《我在江苏的业余兴趣生活》等，来回味这一段难以忘怀的人生历程。