麦克阿瑟与航空队司令在一起

中途岛战役之后，日军陈兵新几内亚，企图通过直接攻击而夺占米恩湾，通过侧翼运动而攻克莫尔斯比港。麦克阿瑟对此有正确判断，并制定出相应的作战计划。7月23日，在新几内亚展开首次地面作战。澳军经过激战而被迫退却。8月底，日军越过欧文•斯坦尼山峰，逼近莫尔斯比港。与此同时，进攻已被盟军据守的米恩湾的日军全军覆没。麦克阿瑟指挥盟军沿3条轴线向布纳—萨拉莫阿—戈纳地区实施反攻。1943年1月，经过六个月的激战，盟军胜利结束巴布亚战役。　　自1943年起，麦克阿瑟就力主太平洋战场实施统一指挥，但这种主张因军种之间的矛盾而未能实现。　　1943年4月，麦克阿瑟根据破译的日军密码电讯，决定派出战斗机队将日本联合舰队司令山本五十六的座机击落。　　麦克阿瑟1943年最后的进攻计划是，设想从瓜达卡纳尔和巴布亚同时发动进攻，保卫新几内亚东北部和所罗门群岛，集中力量收复拉包尔。盟军采用麦克阿瑟的越岛战术，基本实现上述作战计划。

麦克阿瑟称越岛战术“这种战争方式的实际应用，就是避免以大量的伤亡进行正面的攻击；就是避开日军据点，切断补给线，使它们无所作为；就是孤立他们的军队，使他们在战场上饿死……这就是我调动部队与拟定作战计划的指导思想”。　　1943年，共和党政客有意让麦克阿瑟成为1944年大选的总统候选人。但是，1944年某些州的预选表明麦克阿瑟得票并不多。因而，麦克阿瑟只好声明无意参加总统竞选。　　1944年春夏，盟军已经攻克阿留申群岛、吉尔贝特群岛、所罗门群岛、新不列颠岛、新几内亚岛、马绍尔群岛、加罗林群岛和马里亚纳群岛等地。在此期间，麦克阿瑟与尼米兹就太平洋战争的战略问题发生重大分歧。前者主张先发起以新几内亚—哈尔马赫拉—棉兰老为轴心的战役，进而解放菲律宾；后者主张先夺取棉兰老空军基地，孤立吕宋，再进攻台湾和中国沿海，进而打击日本本土以缩短战争进程。二者分别得到陆军参谋长马歇尔和海军作战部长金的支持。最后，罗斯福表示支持前者。