克拉克陪同陆军部长史汀生检阅部队

1928年8月，克拉克的健康状况恶化，被迫进入费兹西蒙斯陆军医院接受胆囊切除手术。1929年春季，克拉克被任命为印第安纳国民警卫师教官。上述原因再加上随后来临的经济大萧条，使得克拉克一度考虑是否应该退役，而数家地方公司亦愿高薪聘用。克拉克最后决定留在军内，因为“如果我开始就带有致富的思想，我首先就不会进入军队”。　　1931年，克拉克得到医生的警告：因患有器质性心脏病而不适于野外服役。但克拉克无论过去、现在还是将来，都没有被疾病吓倒，其工作能力和工作成效历来为上司所肯定。1933年1月，晋升为少校。　　1933年8月，克拉克进入位于驻堪萨斯州利文沃思堡的陆军指挥与参谋学院深造。当时该院负责培养未来的军长、师长和高级参谋人员，课程强调战区部队的组织、补给和机动。克拉克在此获益不浅。1935年9月毕业，来到得克萨斯州的第2师（师长博尔斯少将），出任主管作战训练处的助理参谋长。同年10月，随着博尔斯升任驻内布拉斯加州克鲁克堡的第7军防区司令，克拉克改任该防区主管情报处和作战训练处的助理参谋长以及主管平民预备役的副参谋长。

1936年8月，经过博尔斯的大力推荐，克拉克进入华盛顿的陆军军事学院深造。　　次年7月，分配到驻刘易斯堡的第3师，出任主管情报处和作战训练处的助理参谋长。因为师长和参谋长年事已高，克拉克得以放手试验他所赞同的战术理论和野战观念，并经常与当时在该师任旅长而稍后升任陆军参谋长的乔治•马歇尔讨论作战训练计划。在此期间与艾森豪威尔有过一面之交，但两人一见如故。任内组织指挥第3师实施卓有成效的训练和演习。1940年7月，克拉克晋升为中校。　　克拉克于1940年8月调任美国陆军总司令部参谋，1941年6月升任主管作战训练的助理参谋长，8月晋升为准将，同年12月出任主管训练的副参谋长，成为陆军总司令部参谋长莱斯利•麦克奈尔在组织指导部队训练方面的得力干将，他对大批军官的指挥能力和部队的作战能力了如指掌。1941年12月珍珠港事件发生后，美国陆军参谋长马歇尔要求克拉克推荐10个有能力成为作战与计划部部长的准将人选，克拉克毫不犹 サ厮担骸拔医?个人名而9个同上，德怀特•艾森豪威尔。”