苏军指挥员负伤后仍坚持指挥作战

9月11日，为免遭包围，西南方面军首长向大本营请求撤退，但遭拒绝。布琼尼立即向斯大林请示：西南方面军军事委员会认为，有必要允许方面军向后方地区总撤退。布琼尼坚决请求斯大林允许撤退，并建议将西南方面军从第聂伯河撤到后方地区朴肖尔河。但斯大林拒绝布琼尼的请求，并解除布琼尼西南方向总指挥部总司令的职务，由铁木辛哥元帅接任。但铁木辛哥也同样不能挽救基辅的命运，9月15日，德国第1装甲集群、第2装甲集群在苏联西南方面军后方洛赫维齐会师，将西南方面军合围。9月17日，斯大林命令西南方面军突围，但为时已晚。19日基辅失陷，26日西南方面军被歼，约60万人被俘，方面军司令及参谋长等主要领导人均英勇牺牲。　　9月12日，布琼尼被任命为预备队方面军司令，率部在莫斯科接近地进行防御。为了集中使用从西面掩护莫斯科的部队，并对其实施有效的指挥，苏联最高统帅部于10月20日将预备队方面军并入西方面军，任命朱可夫为方面军司令。布琼尼奉召返回莫斯科，筹划红场阅兵。

　　1941年11月7日，在莫斯科处于德军兵临城下的危机时刻，苏联最高统帅部在红场举行了具有历史意义的莫斯科卫戍部队的阅兵式，布琼尼代表最高统帅部对将直接从红场投入战争的部队进行了检阅，斯大林发表了讲话。1941年底，布琼尼奉命帮助库兹涅佐夫准备和实施克里木登陆战役。　　为了便于对南方部队实施指挥，苏联最高统帅部于1942年4月21日建立了北高加索总指挥部，任命布琼尼为总司令，统一指挥克里米亚方面军、塞瓦斯托波尔防御地域、北高加索军区、黑海舰队和亚速海区舰队的作战行动。旋即由于苏德战场南翼的情况发生急剧变化，北高加索方向总指挥部被撤销，成立北高加索方面军，布琼尼任司令。1942年7月3日以前，布琼尼以塞瓦斯托波尔防御地域的兵力在该地域进行了防御作战。1942年7月25日至8月5日，布琼尼指挥方面军在顿河下游，斯塔夫罗波尔方向和克拉斯诺达尔方向进行了艰苦的防御交战。1942年7月28日，北高加索方面军和南方方面军奉命合并为北高加索方面军，布琼尼为司令，负责阻止德军继续向南推进，并尽力恢复顿河左岸态势。

布琼尼在方面军编成内组建滨海和顿河两个战役集群，分别在克拉斯诺达尔方向和斯塔夫罗波尔方向进行防御。8月至9月间，布琼尼指挥方面军实施了阿尔马维尔—迈科普战役和新罗西斯战役，阻止了德军沿黑海沿岸突入外高加索。