艾森豪威尔视察克拉克的部队

艾森豪威尔于1940年2月调到驻加利福尼亚的第15步兵团任职，11月升任第3师参谋长。1941年3月，升任第9军参谋长。1941年6月出任第3集团军参谋长，就在25年前开始任少尉的地方晋升为准将。在集团军参谋长任内，艾森豪威尔成功地组织实施大规模军事演习，受到陆军参谋长马歇尔的重视。　　1941年12月，珍珠港事件发生之后，艾森豪威尔调任陆军参谋部作战计划部副部长。1942年2月,升任作战计划部部长。就在2月，马歇尔将作战计划部改组为美国陆军的最高指挥机构——作战部，并于3月任命艾森豪威尔为作战部部长。此后不久，艾森豪威尔即晋升为少将。 　　自1942年3月起，艾森豪威尔奉马歇尔之命拟制欧洲盟军联合作战计划。艾森豪威尔认为，美军应以欧洲与大西洋战场为主要战略方向，先将美军的主要兵力兵器向英国集中，再横渡海峡突向欧陆。5月，奉令赴伦敦考察军事形势和未来驻欧美军的编制问题。6月，在呈交考察报告《给欧洲战区司令的指令》后被任命为欧洲战区美军司令，重返伦敦。7月，艾森豪威尔晋升为中将。　　1942年7月，鉴于北非英军及远东美军接连受挫和丘吉尔的极力支持，美英决定发动北非战役。

8月，艾森豪威尔被任命为实施北非登陆的盟军最高司令。盟军司令部设在伦敦，根据美英联合参谋长会议的指示制定作战计划。作战计划要点是：盟军特遣部队在法属北非的阿尔及尔、奥兰和卡萨布兰卡实施登陆（代号“火炬”），占领沿海主要港口，然后由阿尔及尔登陆部队向东抢占突尼斯，再待机与北非英军协同作战，消灭北非的德意军队。攻击发起日（通称Ｄ日）定为11月8日。艾森豪威尔任命克拉克为副司令,史密斯为参谋长,坎宁安为海军司令。11月4日，艾森豪威尔将司令部移驻直布罗陀。11月8日，盟军在卡萨布兰卡、奥兰和阿尔及尔（分别由巴顿、弗雷登道尔和安德森指挥）登陆，与此同时，无线电台向北非广播罗斯福总统的友好声明。而自从10月起，克拉克和墨菲就开始与法军将官接触，要求合作。因某些法军将官持观望态度或无法及时下达合作命令，盟军仍遭到法军程度不同的抵抗。艾森豪威尔认为，北非登陆是为了争取盟友，而不是为了屠杀法国人。因此，在经过激战之后，艾森豪威尔与因故滞留北非的维希法国武装部队总司令达尔朗达成合作协议。盟军在北非登陆成功，艾森豪威尔则被社会舆论攻击为与维希干将勾结而险些被迫辞职。北非登陆使法属北非及其军队归属盟国。