P—51战斗机在执行任务途中

1938年9月，阿诺德就任美国陆军航空兵司令，晋升为少将。　　随着世界大战的临近，阿诺德通过各种途径向罗斯福总统发出呼吁，要求扩充空中力量。德国空军在欧洲闪击战中的作用也日益为人们所认识。1940年6月法国败降后，罗期福下令生产5万架飞机以保卫西半球的安全。战争为实现米切尔和阿诺德的理想提供了绝好的机会。　　1940年10月，阿诺德升任负责航空兵事务的陆军副参谋长兼陆军航空兵司令，陆军航空兵的地位得到提高。1941年7月，美国陆军航空兵改组为陆军航空部队（习称陆军航空队），下辖数个航空队，仍由阿诺德指挥。1941年12月，阿诺德晋升为中将。1942年3月，因为美国陆军再次改组，陆军地面部队、陆军航空部队和陆军后勤部队成为陆军的三大组成部分，阿诺德改任美国陆军航空队司令。

阿诺德与马歇尔、迪尔在一起

太平洋战争爆发后，美英决定两国军方组成联合参谋长会议，共同制定反法西斯的全球军事战略。1942年2月，阿诺德成为新成立的美国参谋长联席会议和美英联合参谋长会议成员。大战期间，阿诺德除1945年的雅尔塔会议因心脏病复发而缺席外，参加了盟国所有决定军事战略的重要会议，其思想影响了这些会议所做出的决策。　　阿诺德长期酝酿的最基本的思想是：由于空军的出现，战争已变得立体化。空军可以大规模地袭击敌人的地面部队和水面舰艇，可以深入敌人的战略后方，破坏敌人的后方补给、工业经济、交通枢纽，甚至人口密集的中心城市，从整体上摧毁敌人的抵抗意志。因此，根本无须入侵和占领敌国的领土，仅用空军就可以迫使敌人投降，从而结束战争。这种作战方式就叫“战略轰炸”，即具有战略意义的飞机轰炸作战。